Yararlanıcıya proje ödemeleri, sözleşme hükümleri ve sözleşmenin eki niteliğindeki proje bütçesi harcama takvimi göz önünde bulundurularak gerçekleştirilir. İlk İzleme Ziyaretinde, yararlanıcı tarafından hazırlanan ödeme talebi Ajansa sunulur. Eğer talep edilmişse, kabul edilebilir nitelikteki teminat şartının yerine getirilmiş olması kaydıyla, öngörülen azami destek tutarının yüzde kırkı ön ödeme olarak sözleşme imzalanmasının ardından kırk beş gün içerisinde yararlanıcının sözleşmede belirtilen banka hesabına aktarılır.

Genel Sekreter, sözleşme imzalanmadan önce yararlanıcının ve projenin risk ve ihtiyaç durumunu değerlendirmek amacıyla, Ajans personelini görevlendirerek ön izleme ziyaretleri yaptırabilir ve bunun sonucunda ön ödeme oranını yüzde yirmiden az ve yüzde altmıştan fazla olmamak kaydıyla yeniden belirleyebilir. Ön izleme ziyaretlerine ilave olarak sözleşme imzalanmasından sonra gerçekleştirilecek ilk izleme ziyaretleri ve başlangıç riski değerlendirmeleri neticesinde; Ajans, yararlanıcının ve projenin risk ve ihtiyaç durumunu değerlendirmek suretiyle, ön ödeme oranını yüzde yirmiden aşağı ve yüzde altmıştan yukarı olmamak kaydıyla yeniden belirleyebilir ve çok yüksek riskli projeler için gerekli tedbirler alınıncaya kadar ön ödeme yapılmamasına karar verebilir.

Ara ve nihai ödemeler ise yararlanıcı tarafından ilgili raporlar sunulduktan ve usulüne uygun ödeme talebinde bulunulduktan sonra yapılır. Bu ödemeler hak ediş esasına göre gerçekleştirilir ve Ajans, usulüne uygun olarak yapılmış harcamalara eş finansmanı oranında katılır. Bu aşamada yararlanıcının eş mali katkısı olan eş finansmanı, talepte bulunduğu oranda proje özel hesabına yatırması gerekmektedir. Ajans destek kapsamında yapacağı her türlü ödemeyi, kendi banka hesaplarından, yararlanıcı tarafından sözleşmede belirtilen banka ve bu banka nezdinde yararlanıcı adına açılmış projeye özel hesap numarasına, transfer talimatı ile gerçekleştirir.